Så har de kliniska labben påverkats av precisionsmedicin
När man talar om precisionsmedicin är det nästan omöjligt att inte nämna alla de cancerbehandlingar som lanserats de senaste åren, som ofta är riktade mot specifika mutationer i tumörcellernas gener.
Ett av de senaste tillskotten är Bayers Vitrakvi, med den aktiva substansen larotrectinib. Det fick godkänt för användning i EU i september 2019 och var då det första tumöragnostiska läkemedlet på den europeiska marknaden. Att Vitrakvi är tumöragnostiskt innebär att det inte riktar sig mot en specifik cancerform utan istället fick godkänt för användning mot olika typer av solida tumörer där en viss genetisk förändring finns, nämligen en fusion av genen NTRK med någon annan gen.
Syftet med precisionsmedicin är att varje patient ska få en behandling som är anpassad för just sin egen typ av cancer för att få bästa effekt och förlänga överlevnaden samtidigt som man också kan undvika att ge personen ett läkemedel som skulle ge en mindre positiv effekt och snarare skulle ge upphov till biverkningar.
En nyckelkomponent inom precisionsmedicinen är så kallade companion diagnostics – diagnostik som följer med specifika läkemedel. Syftet med dem är att se till att rätt personer får ett läkemedel.
– Det är den största framgången inom cancerdiagnostiken – att vi kan individanpassa behandlingen så att vissa blir botade och vissa får en kronisk sjukdom. Diagnostiken gör också att färre får onödig behandling som i princip bara skulle ge biverkningar, säger Maria Johansson Soller, verksamhetschef på klinisk genetik vid Karolinska universitetssjukhuset.
Utvecklingen av companion diagnostics är en mycket viktig pusselbit inom precisionsmedicinen men när allt fler läkemedel kommer med egen diagnostik så leder det såklart till en del utmaningar.
Vid klinisk genetik på Karolinska universitetssjukhuset jobbar man främst med hematologiska maligniteter medan solida tumörer analyseras vid avdelningen för klinisk patologi. Den nya diagnostiken för precisionsmedicin har dock lett till ett allt tätare samarbete med patologen och under våren påbörjas arbetet med att bygga upp en gemensam cancergenomiksektion – ett arbete som kommer att pågå under året.
– Det är viktigt för att vi ska kunna leverera de analyser och den diagnostik som efterfrågas. Vi träffar nu läkare och kirurger för att se vad de tror kommer behövas i framtiden och för att informera dem om vad de kan vänta sig av oss. Det är viktigt att bygga upp en förståelse för varandra, säger Maria Johansson Soller.
Hon berättar vidare att arbetet med precisionsmedicin har påverkat arbetet på labbet för klinisk genetik.
– Inom hematologi gjorde vi främst kromosomanalys förr, för att se vilken typ av cancer som det rörde sig om. Sedan kom information om enstaka genetiska varianter som spelar en viktig roll för behandlingen, exempelvis mutationer i Jak2-genen. Nu blir mutationspanoramat allt större, så vi genomför helgenomsekvensering på de flesta prover.
De prover som ska sekvenseras förbereds vid avdelningen för klinisk genetik för att sedan skickas vidare till Scilifelab, där sekvenseringen äger rum.
Helgenomsekvensering ger upphov till stora mängder data och lagringen av information har blivit en stor fråga som den nationella plattformen Genomic Medicine Sweden, GMS, arbetar med. GMS har bland annat som mål att skapa en informatikinfrastruktur för genetisk analys inom sjukvården i hela landet, som förutom analys, tolkning och delning av data även ska erbjuda säkra lagringsmöjligheter.
De stora mängder data som genereras ställer krav på djupare kunskaper hos de som jobbar med analyserna och Maria Johansson Soller berättar att det bland annat har gett upphov till en ny yrkeskategori inom hälso- och sjukvården– bioinformatiker. Deras uppgift är att tillsammans med sjukhusgenetiker och läkare skapa system för att kunna analysera och tolka de stora mängder data som genereras för att få fram de genetiska varianter som är intressanta för sjukdomen hos varje enskild individ.
I Region Östergötland har de laboratoriemedicinska labben skapat en gemensam enhet för molekylärbiologisk diagnostik, MBE. Där samlas bland annat personal från klinisk genetik, patologi, mikrobiologi, kemi och farmakologi. Syftet är att utvecklas tillsammans och att spara resurser genom att dela på viss utrustning.
– Klinisk laboratorieverksamhet är ett område som utvecklas snabbt både kunskapsmässigt och teknikmässigt. Det är svårt och kostsamt att bygga upp varsin liten enhet så vi kom fram till att det är bättre om vi kan arbeta tillsammans, berättar Martin Hallbeck, medicinsk chef för MBE samt verksamhetschef för klinisk patologi.
Han berättar att en viktig anledning till att man valde att samköra verksamheten var den utrustning som krävs för PCR och genomsekvensering – tekniker som båda är ganska starkt kopplade till companion diagnostics. I vissa fall, som för läkemedelsfamiljen PD1-hämmare, används ofta immunhistokemiska metoder i diagnostiken. Där används antikroppar för att visualisera uttrycket av – i det här fallet – PD1. Immunhistokemiska analyser kommer ofta med krav på exakt vilka antikroppar och laboratorieplattformar som ska användas och Martin Hallbeck ser en risk med att labben kommer att översvämmas av olika specifika analyser.
– När alla kräver sitt eget kit kommer vi snart inte ha plats för alla specifika analyser. Där har företagen ett ansvar att göra dem mer generiska, och få dem godkända för flera diagnostiska plattformar. Vi är fortfarande i början av den här utvecklingen och befinner oss i en utvecklingsfas nu, så det kommer nog bli bättre.
I framtiden tror Martin Hallbeck att kliniska labb kommer att genomföra alltmer gensekvensering.
– I framtiden kommer vi att göra färre PCR-analyser och en större andel av proverna kommer att gensekvenseras. Vi kommer dessutom i större utsträckning att sekvensera genetiskt material både från frisk vävnad och tumörceller eftersom båda påverkar vilken behandling som är bäst för en person.
– Det kommer också bli vanligare att vi analyserar gener som kan påverka andra delar av behandlingen än just valet av läkemedel. Exempelvis kan de visa vilken typ av kirurgiskt ingrepp man bör välja och vilka livsstilsförändringar som är viktiga för att minska risken för återfall för en viss individ.